【基準振動解析】脂質を除きタンパク質のみの系で計算。（中段）Mode No. 1、
（下段左）Mode No. 3、（下段右）Mode No. 6.　振動周期はモードにより異なるが、
便宜上、同じ周期で表現している。

【図の説明】チャンネル・タンパク質は６量体で、各サブユニットを色分けした。
（上段）PDBデータによる静止画像で、中央の穴に存在する脂質を白のBall&Stick図で
表示している。左はペリプラズム側から見下ろした図、右は細胞膜の断面に沿った図で、
チャンネル・タンパク質も中央部分での断面図となっている。尿素の出入り口を矢印で示した。
（中段）Mode No. 1 の振動をサイドから見た図（左）と上から見た図（右）
（下段）Mode No. 3 （左）とMode No. 6 （右）の振動をサイドから見た図。
サイドから見た図はタンパク質の中央付近での断面図。

【メモ】胃がんを引き起こすことで知られるヘリコバクター・ピロリ（通称ピロリ菌）は胃の中の酸性環境下でも生きることができる。ピロリ菌は尿素 （urea）がないと酸性条件下では生き延びることができない。胃液中には低濃度で尿素が含まれているので、ピロリ菌は胃の中にいる時この尿素を利用して細胞 に侵入してくるあらゆる酸を中和している。この中和過程では2種類のタンパク質が協力して働く。まず、酸性条件下ではプロトン開閉型尿素チャネルが開いて尿素 が細胞内に入れるようにする。次に細胞内に入った尿素は、ウレアーゼ（urease）によって二酸化炭素とアンモニウムイオンに分解される。ここでできたアン モニウムイオンが酸を中和する。（PDBj　今月の分子　 158　プロトン開閉型尿素チャネル　参照）このチャンネル・タンパク質はピロリ菌にとって必須であり、しかもピロリ菌特有であることから、その 機能を阻害することでピロリ菌を死滅させ、ひいては胃がんを防ぐことができる、しかも副作用の少ない薬が開発できる可能性があり、標的の一つとなっている。

主引用文献：　Cui, Y., Zhou, K., Strugatsky, D., Wen, Y., Sachs, G., Zhou, Z.H., Munson, K.
pH-dependent gating mechanism of theHelicobacter pyloriurea channel revealed by cryo-EM.
Sci Adv, 5:eaav8423-eaav8423, 2019.