基準振動解析 Gallery

1DZK ー 匂い物質結合タンパク質

【PDBデータ】PDB ID: 1DZK.　ブタの匂い物質結合タンパク質とピラジンの複合体

【基準振動解析】タンパク質のみの系で計算。ピラジンはアニメーション制作の段階で付加し た。
図は、運動しやすい領域と比較的固定化された領域を視覚的に捉えるため
Mode No. 1, 2, 3 を重ね合わせて表示した。振動周期はモードにより異なるが、
便宜上、同じ周期で表現している。

【図の説明】タンパク質をカートゥーン表示し、ピラジンを空間充填モデルで表現した。
タンパク質の一部でBall&Stick モデルで表示しているのは、ピラジンに接触している
アミノ酸残基で、35（シアン）、114（青）、37, 39, 102, 116 （緑）である。
35, 114 が直接結合に関与している。

【メモ】多くの動物は、匂い物質を捉え、嗅覚受容体へと運ぶタンパク質をもっているが、 ここに示したのはその一つである。結合しているのはピラジンという物質で、トウモロコシのようなもしくは木の実ような甘い刺激臭をもつという。（参考：　 PDBj 　今 月のタンパク質　282　嗅覚受容体）

主要文献：　Vincent, F., Spinelli, S., Ramoni, R., Grolli, S., Pelosi, P., Cambillau, C., Tegoni, M., Complexes of Porcine Odorant Binding Protein with Odorant Molecules Belonging to Different Chemical Classes.  J. Mol. Biol., 300:127-, 2000.